A SUIPA foi inaugurada em 27 de abril de 1943. Inicialmente, chamava-se Sociedade União Infantil Protetora dos Animais. Isto porque os protetores que formaram esta Sociedade contavam com a ajuda de seus filhos no tratamento dos cães doentes que eram recolhidos das ruas. Os animais eram atendidos em um pequeno barracão localizado na antiga Avenida Castelo Branco que passou a chamar-se Avenida Suburbana. Atualmente, a conhecemos como Avenida Dom Hélder Câmara. Naquela época, a região era rural e desprovida de qualquer recurso. Com o passar dos anos, muitas famílias se instalaram nas proximidades da SUIPA. Surgiram, então, as comunidades do Jacarezinho e de Manguinhos com mais de 300 mil moradores, como podemos observar nos dias de hoje.

No final dos anos 50, as crianças deixaram de participar do atendimento aos animais resgatados e os novos diretores cadastraram a SUIPA como Sociedade União Internacional Protetora dos Animais. Nesta fase, intelectuais como: Carlos Drummond de Andrade, Nise da Silveira, Roberto Marinho, Paschoal Carlos Magno, Rachel de Queiroz e outros célebres e amantes da causa animal se tornaram associados, alguns deles diretores e outros conselheiros.

Participavam de assembléias e reivindicavam junto às autoridades o cumprimento do Decreto-Lei nº 24.645 (julho/1934), assinado pelo então Presidente Getúlio Vargas. E os protetores suipanos tornaram-se, com o passar do tempo, cada vez mais atuantes. Tartarugas foram retiradas de restaurantes, as portas das carrocinhas abertas para a fuga em massa de cães capturados pela Prefeitura e que teriam a morte como destino final, lutas foram travadas em favor de um santuário para baleias no Sul do Brasil, cavalos maltratados foram libertos da violência e covardia de charreteiros, aves silvestres foram recolhidas de locais inadequados, entre outras inúmeras ações. Sem contar, é claro, com as cartas escritas para presidentes e governantes brasileiros e estrangeiros, sempre em defesa de todas as espécies de animais.

Com mais de 70 anos de existência, a SUIPA permanece viva, como uma entidade particular, não eutanásica, sem fins lucrativos, e de utilidade pública. Além do abrigo, a SUIPA mantém em sua sede uma Assistência Veterinária, com preços populares, para que todas as pessoas possam cuidar de seus animais de estimação. A receita arrecadada, na Assistência Veterinária, é direcionada para cobrir diversas despesas da Entidade.